Kè biển là gì? Các công bố khoa học về Kè biển

Có một mối liên hệ sâu sắc và hữu ích giữa cơ học thống kê (hành vi của các hệ thống có nhiều mức độ tự do trong trạng thái cân bằng nhiệt ở một nhiệt độ xác định) và tối ưu hóa đa biến hoặc tổ hợp (tìm cực tiểu của một hàm số cho trước phụ thuộc vào nhiều tham số). Một sự tương đồng chi tiết với quá trình tôi kim loại cung cấp một khuôn khổ để tối ưu hóa các đặc tính của các hệ thống rất lớn và phức tạp. Mối liên hệ này với cơ học thống kê khám phá ra thông tin mới và cung cấp một góc nhìn lạ thường về các vấn đề và phương pháp tối ưu hóa truyền thống.

Để phân tích thành công mối quan hệ giữa trình tự axit amin và cấu trúc protein, một định nghĩa rõ ràng và có ý nghĩa vật lý về cấu trúc thứ cấp là điều cần thiết. Chúng tôi đã phát triển một bộ tiêu chí đơn giản và có động cơ vật lý cho cấu trúc thứ cấp, lập trình như một quá trình nhận dạng mẫu của các đặc điểm liên kết hydro và hình học trích xuất từ tọa độ x-quang. Cấu trúc thứ cấp hợp tác được nhận diện dưới dạng các thuật toán cơ bản của mẫu liên kết hydro "xoắn" và "cầu". Các xoắn lặp lại là "xoắn ốc", các cầu lặp lại là "cột", các cột kết nối là "tấm". Cấu trúc hình học được định nghĩa theo các khái niệm về độ xoắn và độ cong trong hình học vi phân. "Tính chiral" của chuỗi cục bộ là sự xoắn của bốn vị trí C^α liên tiếp và có giá trị dương đối với xoắn ốc thuận tay phải và âm đối với cấu trúc β- xoắn lý tưởng. Các phần cong được định nghĩa là "bền". "Phơi nhiễm" dung môi được tính bằng số phân tử nước có thể tiếp xúc với một dư lượng. Kết quả cuối cùng là sự biên soạn cấu trúc chính, bao gồm các liên kết disulfide, cấu trúc thứ cấp và phơi nhiễm dung môi của 62 protein hình cầu khác nhau. Bài trình bày ở dạng tuyến tính: biểu đồ dải cho cái nhìn tổng quát và bảng dải cho các chi tiết của mỗi 10.925 dư lượng. Từ điển cũng có sẵn ở dạng đọc được bằng máy tính cho công việc dự đoán cấu trúc protein.

Bài báo này nghiên cứu mối quan hệ giữa hai ước lượng biến đổi di truyền ở cấp độ DNA, cụ thể là số lượng vị trí phân ly và số lượng khác biệt nucleotide trung bình được ước lượng từ so sánh cặp. Kết quả cho thấy mối tương quan giữa hai ước lượng này lớn khi kích thước mẫu nhỏ và giảm dần khi kích thước mẫu tăng lên. Dựa trên mối quan hệ thu được, một phương pháp thống kê để kiểm tra giả thuyết đột biến trung tính được phát triển. Phương pháp này chỉ cần dữ liệu về đa hình DNA, cụ thể là sự biến đổi di truyền trong quần thể ở cấp độ DNA. Một phương pháp mô phỏng máy tính đơn giản, được sử dụng để thu được phân phối của một thống kê mới được phát triển, cũng sẽ được trình bày. Áp dụng phương pháp thống kê này cho năm vùng trình tự DNA ở Drosophila melanogaster, kết quả cho thấy sự chèn/xóa lớn (lớn hơn 100 bp) là có hại. Điều này cho thấy rằng chọn lọc tự nhiên chống lại sự chèn/xóa lớn là rất yếu, do đó một lượng lớn biến đổi vẫn được duy trì trong một quần thể.

Marketing quan hệ—thiết lập, phát triển và duy trì các trao đổi quan hệ thành công—được xem là một sự thay đổi lớn trong lý thuyết và thực hành marketing. Sau khi khái niệm hóa marketing quan hệ và thảo luận về mười hình thức của nó, các tác giả (1) lý thuyết hóa rằng marketing quan hệ thành công cần có cam kết quan hệ và sự tin tưởng, (2) mô hình hóa cam kết quan hệ và sự tin tưởng như là những biến trung gian chính, (3) kiểm tra mô hình biến trung gian chính này bằng cách sử dụng dữ liệu từ các nhà bán lẻ lốp ô tô, và (4) so sánh mô hình của họ với một mô hình đối kháng không cho phép cam kết quan hệ và sự tin tưởng hoạt động như những biến trung gian. Với kết quả kiểm tra tích cực cho mô hình biến trung gian chính, các gợi ý về việc làm rõ thêm và kiểm tra nó được đưa ra.

Mục đích chính của bài báo này là trình bày một số kiểm định thống kê mới về tính trung lập của các đột biến chống lại một lớp mô hình thay thế, trong đó các đa hình DNA có xu hướng thể hiện sự dư thừa của các alen hiếm hoặc các đột biến trẻ. Mục đích khác là nghiên cứu sức mạnh của các kiểm định hiện có và các kiểm định mới phát triển, cũng như xem xét chi tiết mô hình đa hình dưới ảnh hưởng của sự tăng trưởng dân số, hiện tượng hitchhiking di truyền và lựa chọn nền. Kết quả cho thấy rằng các mô hình đa hình trong một mẫu DNA dưới sự tăng trưởng dân số logistic và hiện tượng hitchhiking di truyền rất giống nhau và một trong các kiểm định mới phát triển, FS, mạnh hơn nhiều so với các kiểm định hiện có trong việc bác bỏ giả thuyết về tính trung lập của các đột biến. Lựa chọn nền tạo ra các mô hình đa hình hoàn toàn khác với sự tăng trưởng dân số logistic hoặc hiện tượng hitchhiking di truyền, mặc dù tất cả chúng đều cho thấy sự dư thừa của các alen hiếm hoặc các đột biến trẻ. Chúng tôi chỉ ra rằng các kiểm định của Fu và Li là một trong những kiểm định mạnh nhất chống lại lựa chọn nền. Các hệ quả của những kết quả này sẽ được thảo luận.

Bình thường hóa chính xác là điều kiện tiên quyết tuyệt đối để đo lường đúng biểu hiện gene. Đối với PCR sao chép ngược định lượng thời gian thực (RT-PCR), chiến lược bình thường hóa phổ biến nhất bao gồm tiêu chuẩn hóa một gene kiểm soát được biểu hiện liên tục. Tuy nhiên, trong những năm gần đây, đã trở nên rõ ràng rằng không có gene nào được biểu hiện liên tục ở tất cả các loại tế bào và dưới mọi điều kiện thí nghiệm, ngụ ý rằng sự ổn định biểu hiện của gene kiểm soát dự kiến phải được xác minh trước mỗi thí nghiệm. Chúng tôi đã trình bày một chiến lược mới, sáng tạo và mạnh mẽ để xác định các gene được biểu hiện ổn định trong một tập hợp các gene ứng cử viên để bình thường hóa. Chiến lược này bắt nguồn từ một mô hình toán học về biểu hiện gene cho phép ước lượng không chỉ sự biến đổi tổng thể của các gene nghị biểu bình thường mà còn sự biến đổi giữa các nhóm mẫu bộ của tập hợp mẫu. Đáng chú ý, chiến lược này cung cấp một thước đo trực tiếp cho sự biến đổi biểu hiện ước tính, cho phép người dùng đánh giá lỗi hệ thống được tạo ra khi sử dụng gene này. Trong một so sánh trực tiếp với một chiến lược đã được công bố trước đó, cách tiếp cận dựa trên mô hình của chúng tôi có hiệu suất mạnh mẽ hơn và ít nhạy cảm hơn đối với điều chỉnh đồng biến của các gene bình thường hóa ứng cử viên. Chúng tôi đã sử dụng chiến lược dựa trên mô hình để xác định các gene phù hợp để bình thường hóa dữ liệu RT-PCR định lượng từ ung thư ruột kết và ung thư bàng quang. Các gene này bao gồm UBC, GAPD, và TPT1 cho ruột kết và HSPCB, TEGT, và ATP5B cho bàng quang. Chiến lược được trình bày có thể được áp dụng để đánh giá độ thích hợp của bất kỳ ứng cử viên gene bình thường hóa trong bất kỳ loại thiết kế thí nghiệm nào và nên cho phép bình thường hóa dữ liệu RT-PCR đáng tin cậy hơn.

Đột biến soma trong miền tyrosine kinase (TK) của gen thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu bì (EGFR) được cho là liên quan đến độ nhạy của ung thư phổi với gefitinib (Iressa), một chất ức chế kinase. Các đột biến xóa trùng khung xảy ra ở exon 19, trong khi các đột biến điểm xảy ra thường xuyên ở codon 858 (exon 21). Qua việc giải trình tự miền TK của EGFR, chúng tôi phát hiện rằng 7 trên 10 khối u nhạy với gefitinib có các thay đổi tương tự; không có đột biến nào được tìm thấy trong tám khối u kháng gefitinib ( P = 0.004). Năm trên bảy khối u nhạy với erlotinib (Tarceva), một chất ức chế kinase liên quan mà mục tiêu liên quan lâm sàng chưa được ghi nhận, có các đột biến soma tương tự, đối lập với không có trong 10 khối u kháng erlotinib ( P = 0.003). Do hầu hết các khối u có đột biến đều là adenocarcinoma từ bệnh nhân hút ít hơn 100 điếu thuốc trong suốt cuộc đời (“người không hút thuốc”), chúng tôi tiến hành sàng lọc các exon 2-28 của EGFR trong 15 trường hợp adenocarcinoma cắt khỏi những người không hút thuốc chưa được điều trị. Bảy khối u có đột biến miền TK, trái ngược với 4 trên 81 trường hợp ung thư phổi không tế bào nhỏ được cắt khỏi những người hút thuốc trước đây hoặc hiện nay chưa được điều trị ( P = 0.0001). Phân tích protein bằng phương pháp điện di miễn dịch từ các tế bào chuyển nhiễm tạm thời với các cấu trúc khác nhau của EGFR cho thấy rằng, so với protein gốc, một đột biến xóa exon 19 gây ra mức phosphotyrosine giảm, trong khi sự phosphoryl hóa ở tyrosine 1092 của một đột biến điểm exon 21 bị ức chế ở nồng độ thuốc thấp hơn 10 lần. Tóm lại, các dữ liệu này cho thấy rằng adenocarcinoma từ "người không hút thuốc" là một tập hợp con riêng biệt của ung thư phổi, thường chứa các đột biến trong miền TK của EGFR liên quan đến độ nhạy với gefitinib và erlotinib.

Phương pháp PCR Ngược Dòng Thời gian Thực dựa trên huỳnh quang (RT-PCR) được sử dụng rộng rãi để định lượng mức mRNA ở trạng thái ổn định và là một công cụ quan trọng cho nghiên cứu cơ bản, y học phân tử và công nghệ sinh học. Các thử nghiệm dễ tiến hành, có khả năng xử lý khối lượng lớn, và có thể kết hợp độ nhạy cao với độ đặc hiệu đáng tin cậy. Công nghệ này đang tiến hóa nhanh chóng với sự xuất hiện của các enzym, hóa chất và thiết bị mới. Tuy nhiên, mặc dù RT-PCR thời gian thực đã giải quyết nhiều khó khăn vốn có trong RT-PCR thông thường, nó đã trở nên ngày càng rõ ràng rằng nó tạo ra những vấn đề mới cần giải quyết cấp thiết. Do đó, bên cạnh việc cung cấp bức tranh tổng thể về công nghệ RT-PCR thời gian thực, bài đánh giá này còn có mục tiêu bổ sung: sẽ mô tả và thảo luận cụ thể một số vấn đề liên quan đến việc giải thích các kết quả có tính chất số học và dễ dàng phân tích thống kê, nhưng độ chính xác của chúng bị ảnh hưởng đáng kể bởi sự biến đổi của hóa chất và người điều hành.